네. 전혀 상관없습니다.
부팅할때 HDD와 SSD중 선택하여 부팅할수 있고, 두 저장장치속 윈도우가 충돌하거나 하는일은 없어요
그리고 SSD에 윈도우를 새로 설치할때는 HDD 연결을 해제한 상태에서 하세요
윈도우 설치과정중 HDD에 시스템파티션이 잡힐수도 있고
실수로 HDD를 포멧하는 위험성도 있습니다.
또한 다른 버전의 윈도우를 새로 설치하는것이 아니라면 HDD속 모든 데이터를 SSD로 마이그레이션 하는 방법도 있습니다.