대만 사람이 한국으로 워킹홀리데이를 신청하려는데 일하려는곳과 거주지는 제주도인데, 일하는곳의 사업자등록증상 주소지가 다른지역이여도 상관이 없을까요?

상관없습니다.

외국인이니 다시 체류지 변경 신고하면 됩니다.