japanese is spoken in japan 이라는 지문이 나왔는데 in 이 아니라 by가 맞는 건가요? 아니면 그냥 장소니까 in 인게 맞나요?

in이 맞습니다.

말하는 사람이 Japan이 아니기 때문에 by는 적절치 않습니다.

japanese is spoken (by people) in japan