なる라는 동사가 변화를 나타내는 용도라 문법적으로는 틀린 문장입니다 ㅇㅇ円でございます가 맞아요
다만 한국에서도 ~~나오셨습니다 처럼 원래는 잘못된 문장이지만 공손함을 나타내기 위해 쓰는 경우가 있는 처럼 일본도 쓰는 경우가 많습니다